三清殿重建于南宋淳熙六年（1197年），是苏州仅存的一座南宋殿堂建筑，也是全国最大最古老的道观殿堂之一。设计者是当时著名画家赵伯驹之弟赵伯肃。殿是重檐歇山式，屋脊高10余米，两端有一对高约3.5米的南宋砖刻螭。殿阔44米，深25米。内有高大殿柱40根，左右山墙檐柱30根。屋面坡度平缓，出檐较深，斗拱疏朗宏大，特别是内部月亮式梁架上檐内槽斗拱的上昂做法，为国内首例。

　　殿内正中的砖砌须弥座，高1.75米，分上、中、下3层，系南宋遗物。座上供奉3尊高17余米泥塑的三清全身像，法相庄严，神采奕奕，虽经重修，仍不失为南宋道教雕塑中的精品。殿前建有宽广的青石砌成的露台，三面都设有石栏与踏垛，石栏板上的浮雕人物、水族、鸟兽等，形态逼真，极为精美，相传是唐、宋时代的作品。宏大雄伟的三清殿保持着南宋的建筑特色，在我国建筑史上占有重要地位。